普通防伪公章依靠物理防伪手段，比如微缩文字、特殊边框、防伪印油，防伪标识全部集中在盖印出来的纸质印迹上。不法分子通过扫描、复刻，可以仿制出高度近似的印迹，辨别真伪高度依赖专业人员肉眼比对，普通合作单位很难快速鉴别真假。芯片防伪印章保留传统物理防伪，同时增加内置加密芯片，防伪分为印面物理防伪与芯片数字防伪两层。纸质印件肉眼只能识别物理特征，想要完整核验真伪，需要读取印章本体内部的芯片数据，与官方数据库比对，造假者无法仿制加密芯片内的密钥信息。
普通印章丢失挂失，仅做系统登记，印章实物本身依旧可以盖章使用；芯片印章挂失后，芯片后台失效，读卡器读取直接提示作废。成本方面，芯片印章会多出芯片、加密写入的工艺成本。需要注意，芯片印章防伪针对印章实体，打印出来的纸质文件上看不到芯片信息，签订重要合同，条件允许应当现场核验印章实物芯片，不能只看纸上印迹。